Le Blitzkrieg du variant Delta est un avertissement

Le variant Delta a été identifié assez tardivement en Inde lors de la récente phase exponentielle de la pandémie à SARS-CoV-2. Il est donc connu depuis décembre 2020 lorsqu’il arrive au Royaume Uni. Depuis il est devenu le variant dominant à l’échelle mondiale. La question souvent posée est la suivante: comment se fait-il que de telles résurgences se produisent dans différents pays, avec des mortalités significatives, alors que le vaccin est largement utilisé ? Il n’est pas facile de répondre à cette question car la situation n’est pas la même dans les différents pays.

Les mutations modifient l’équation du risque

Cette pandémie est due à un virus à ARN qui présente comme tous ces virus une réplication souvent entachée d’erreurs au niveau de l’ARN. C’est bien sûr une opportunité, des mutants disparaissent mais d’autres prennent le dessus sur la souche sauvage ou ensuite sur les variants anciens. La sélection des mutants se fait avec les Sars-CoV-2 sur la liaison de la protéine S avec le récepteur ACE 2 des cellules. Il y a là un double jeu. Se lier plus fortement et rapidement à l’ACE 2 pour entrer dans la cellule (quelles qu’elles soient, celles de l’arbre respiratoire comme toutes les cellules comportant un tel récepteur) est un avantage certain pour répliquer le virus. Mais cela peut aussi être un avantage si les modifications survenues dans la séquence des acides aminés de cette protéine diminuent la liaison des anticorps (AC) acquis lors de la maladie ou après vaccination. Si les AC se lient moins bien, leur pouvoir neutralisant diminue et le virus échappe au système immunitaire au moins partiellement.

L’endémisation de la pandémie à Sars-CoV-2 est en cours

Après la phase sporadique de Janvier-Février 2020 il s’agit maintenant d’une virose respiratoire qui affecte la population de manière habituelle ce qui ne veut pas dire que les choses sont figées mais que plusieurs facteurs affectent la survenue d’une résurgence. Le premier est l’apparition d’un variant d’intérêt ici et maintenant. Une fois ce variant détecté (le séquençage est une activité cruciale dans une pandémie et son importance a été sous estimée dans les plans d’urgence sanitaire) même dans une population vaccinée, l’isolement des cas positifs et la quarantaine aux frontières restent des mesures très efficaces pour éviter une phase exponentielle dans la population non immunisée. En effet le slogan trompeur: “tous vaccinés tous protégés” doit être remplacé par « tous vaccinés mieux protégés”. Un vacciné n’est pas ipso facto un immunisé. Ce n’est pas une nouvelle. C’est vrai avec tous les vaccins et en particulier les vaccins immunisants contre des virus à ARN. Par exemple, l’efficacité de la saison 2020 était de 45 % dans l’ensemble et de 55 % chez les enfants, tandis qu’en 2019 chez les adultes de 50 ans et plus, l’efficacité était de 24 %. Rappelons qu’en 2020 le vaccin à ARN messager contre le Sars-CoV-2 était efficace à plus d e 90%. En revanche la reprise des échanges humains par les différents moyens de transport sans contrôle des passagers au passage de la frontière permet la diffusion par transmission à une échelle planétaire jamais connue. C’est pourquoi ces résurgences sont violentes dans les pays sans quarantaine aux frontières. L’exemple assez caractéristique est le Japon pendant les Jeux Olympiques.

Ce qui se passe à l’est : un blitzkrieg dans des populations peu préparées

L’arrivée du variant Delta dans ces pays (Russie, Roumanie, Bulgarie et pays des Balkans) a entraîné une transmission très rapide et très intense avec des charges virales élevées. Ce sont les caractéristiques intrinsèques du Delta et maintenant du variant AY.4.2 une sous lignée du Delta actuellement sous investigation. Une très forte transmissibilité, en très peu de temps, c’est ce qui se passe. Bien que ce variant soit plus transmissible, une étude très récente n’a pas trouvé de proportions significativement plus élevées (par rapport aux variants précédents) d’hospitalisations avec admission en soins intensifs, ventilation mécanique ou décès à l’hôpital chez les adultes hors femmes enceintes. La première explication tient aux faibles taux de vaccination. Ces taux faibles ont favorisé la gravité de l’attaque. En effet le vaccin comme le claironnent ceux qui y sont opposés n’empêche pas la transmission, c’est-à-dire qu’elle est possible mais entre vaccinés elle n’entraîne pas une maladie conduisant à l’hospitalisation, à un lit de soins critiques ou au décès. C’est l’essentiel.

Les autres facteurs sont connus: certains vaccins sont moins efficaces que les vaccins à ARN messager, certains sont vaccinés depuis plus de huit mois, les immuno fragiles n’ont pas été détectés et ils ont un taux d’AC circulants trop faible après la deuxième dose, les protections personnelles ne sont pas appliquées, le TTIQ (Testing, Tracing, Isolement, Quarantaine) non plus. Ces facteurs ne se cumulent pas arithmétiquement, ils sont synergiques et amplifient dramatiquement la phase de transmission qui devient exponentielle. Et nous en arrivons au système de soins car plus il y a de cas confirmés parmi les personnes susceptibles plus le nombre absolu de cas graves augmentent. Pour autant l’hôpital n’est pas le bon rempart contre une pandémie. En effet nous n’avons pas d’antiviraux, le recours aux anticorps monoclonaux est réduit voire nul, le remdesivir est peu utilisé en Europe et le molnufipavir n’est pas encore sur le marché. C’est à dire que devant des formes graves avec les meilleures techniques et un nombre infini de lits on atteint un plafond de guérison qui ne peut être dépassé. Cependant, si la transmission est laissée à vau-l’eau, le système peut être submergé à la fois par des cas sérieux ne nécessitant pas de soins critiques mais aussi par les cas les nécessitant. C’est en amont de l’hôpital que se joue la mortalité d’une pandémie. Le Delta nous rappelle que c’est la transmission qui reste la cible de prévention privilégiée.

La mortalité comparée

Pour autant, à l’est de l’Europe la mortalité comparée est élevée en cumulatif par rapport à certains pays de l’ouest de l’Europe, Allemagne ou France. Les nombres officiels demanderont cependant une confirmation après examen de la surmortalité car le système de reporting des décès est loin de l’optimum.

Quelles leçons tirer ?

Sans jouer les Cassandre gardons à l’esprit que l’histoire d’une pandémie est d’abord grevée d’une grande incertitude. Compte tenu de la gravité de l’infection à Sars-CoV-2 (réduire cette maladie à 1-2% de mortalité c’est ignorer la maladie elle-même et ses séquelles) il faut conserver intacts les réflexes de protection au niveau individuel et collectif notamment en intérieur. Une fois ces facteurs maîtrisés, il est essentiel, après le succès de l’Operation Warp Speed, que l’investissement et la compétition pour de nouveaux antiviraux et des anticorps monoclonaux ne ralentissent pas. La tendance de ce point de vue est plutôt à la baisse des initiatives. Enfin et surtout il faut aller vers des systèmes de maîtrise de la transmission plus intelligents et plus efficaces sans attendre une nouvelle pandémie. Quelques exemples:

– La question de la filtration/stérilisation de l’air dans les espaces clos de l’entreprise, de l’enseignement et d’autres a peu progressé.

– Le diagnostic est un domaine où des progrès importants peuvent encore être fait en particulier vers l’auto-diagnostic, qu’il s’agisse du diagnostic du virus ou bien du dosage des anticorps ou d’une évaluation plus fine des défenses immunitaires.

– La circulation des humains doit être préservée au maximum dans une pandémie car l’économie ne peut s’en passer et que la liberté de circuler est essentielle. Pour autant la transmission doit être réduite au minimum car dans le cas contraire l’épidémie submerge le système de soins. Cette articulation, sans entrer dans une société de surveillance, doit être approfondie, non pas en tenant des discours ronflants sur la liberté (alors que nous donnons à l’état bien d’autres données sans contrôle) mais avec des solutions sûres faisant appel à la recherche et l’innovation.